尽管有益微生物制剂在水产养殖业的应用结果表明其有许多优点，研究和开发工作日益加深，应用范围也日益扩大，但仍存在一些问题和待研究领域，这一点应引起足够的重视。

（一）使用安全性问题

从抗生素的替代实践证明，一种新产品的安全性评价需要一个较长的过程。对有益微生物制剂的毒副作用等问题未见有报道，人们对此还缺乏了解，但并不表明不存在这方面的问题，有益微生物制剂的天然性并不能从逻辑上就能保证其是安全的。事实上，大多数有益微生物制剂并非单纯制品，常含有培养基残留物、无机盐、防腐剂和稀释剂等，大多数属未知成分，因此，发酵菌种、杂菌污染、培养基原料、酶的化学性质、杂质的种类和含量等因素都有可能影响到有益微生物制剂的安全性；此外，由于目前还没有国家统一的质量标准，很多菌种在投入生产前及生产过程中缺乏生物学、遗传学特征的检验，存在一定的安全隐患。

具体而言，这一问题包括多个方面：如选用菌种没有进行针对性的选择和严格驯化，可能对水产动物和人的健康存在潜在威胁；菌种的变异使得产品质量得不到保证；缺少对代谢产物的系统研究，一株现在无毒无副作用的菌种无法保证其长期安全；在开发生产过程中常有偏重于产生抑菌作用的倾向，病原菌生长时间与其接触有可能产生抗性，等等。

（二）菌种的选择问题

虽然目前有许多商品性的有益微生物制剂应用于水产养殖业，但大多数是为陆生动物设计的，有的菌株并不适合水产养殖动物的消化和养殖水体的环境，因水产养殖动物为低等动物或冷血动物，其消化道内的微生态系统与陆生动物有很大不同，养殖水体环境也与陆地环境有很大不同，在选择菌种时应引起充分注意，要在研究基础上加以选择和确认。

（三）施用技术的不明确

有益微生物制剂对养殖水体的生物修复存在一定局限性，养殖水体的水型较为复杂，有海水、内陆盐水、淡水之分，也有按盐型的不同划分的盐酸盐型、碳酸盐型、硫酸盐型、硝酸盐型等水型，而每一种微生物都有其特定的生存适应环境要求，有益微生物制剂中的特定有益菌只能降解特定类型的化学物质，状态稍有变化的化合物就不可能被同一微生物所降解或破坏，有益微生物制剂并不能适用于所有养殖水体环境或不能降解所有养殖环境中的有毒有害物质。因此，要在已有的研究基础上，研究测水施用技术。对于不同水型确定不同微生物种的配伍、用法与用量等技术内容，确保使用的有效性。

另外，许多养殖户对有益微生物制剂一知半解，或受广告宣传的影响，简单地认为使用有益微生物制剂是只要向池中泼洒既可，不管是什么菌种的制剂、有何使用要求等，使用上存在着盲目性问题。事实上，因有益微生物制剂是由活菌组成的，其作用的发挥与施用活菌的数量、时间、水质条件等均有直接影响；且有益微生物制剂只有在水体中增殖到优势种群后才能发挥作用，这需要几天的时间才能反应出来，应在使用后加以观察和检测有关指标。

（四）应用对象和环境的限制性问题

对于有益微生物制剂的不同施用对象的毒力变化、施用后对养殖环境的影响、对宿主的有害作用及致病性问题等都要进行深入研究，因为有些菌为有条件致病性，可能无毒或无致病性的分离株在释放入环境或用到宿主后发生变异，从而产生致病能力，这一点往往容易被忽视。

另外，一些养殖生产者将有益微生物制剂同消毒剂或抗生素同时使用，从而引起所施用的有益微生物制剂的大量死亡，以致形不成优势种群，难以发挥作用，造成经济上的浪费也是一个重要问题。

运输和贮存不当也是造成有益微生物制剂大量死亡的一个原因，应按照说明书的要求运输、贮存和施用有益微生物制剂，最好在使用前进行活菌数的测定，按应施用的活菌数调整施用量。一般说来，将有益微生物制剂贮存于温暖、潮湿的环境中，细菌在储存期间就可开始繁殖，到使用时很可能大部分进入衰败期，进一步分解大分子有机物的能力极其有必要；若暴露于强光、高温条件下，可直接致使细菌死亡，其活量大大下降。将保管不当的制剂再投放于养殖水体中时，不但起不到应用的效果，还会污染水质。

（五）种属特异性和环境适应性问题

某些特异来源的菌株可能对分离动物或分离地的环境具有更突出的作用，当环境或分离物改变后，其作用也会有所变化。

我国有益微生物制剂的基础研究较薄弱，许多基础性问题还没有解决。水产上使用的有益微生物制剂多是为人类或动物设计基础上改良而成，菌株并不一定适用水产养殖动物消化道或养殖水体环境中增殖，迫切需要培养出适宜的菌株。

（六）配伍和谐性问题

对于复合有益微生物制剂而言，相互配合在一起应用的有两个以上或多个菌种，这些菌种并非是各个单独发挥作用，在一定条件下，他们之间也会产生相互影响，如拮抗或抑制作用等，从而失去配合的意义，甚至会产生相反的结果。

（七）对水域微生态的影响问题

因有的微生物是有条件致病性的，在特定的条件下会产生我们所希望的作用，而在另一种特定条件下会产生相反的作用。而在从事有益微生物制剂开发应用过程中，大多只是在特定的条件下进行试验，并未对各种水域条件进行试验，从而出现在实际生产应用过程中效果不稳定或出现相反结果的原因所在。

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