在入孵过程中要注意蛋库与孵化室的温度差的影响，一般蛋库温度会在18-20℃，而孵化室的温度一般会在25℃左右，因此二者之间会有5-7℃的温度差，由于孵化室的通风不是很好，这样的温度差可能会导致鸡蛋出汗，同时也会导致温度的不均匀使得孵化时间参差不齐，因此入孵时间应尽量的短。
2. 孵化条件控制
要想获得理想的孵化性能和品质优良的雏鸡，除优质健康高产种鸡群、提高种蛋品质和加强种蛋消毒外，孵化条件是关键因素。
2.1 温度控制
温度是孵化中重要的条件，对孵化率和雏鸡品质起决定性的作用。因为胚胎发育过程中的各种代谢活动都是在一定温度条件下进行，没 有适宜的温度，胚胎就不能发育或发育不正常，得不到好的孵化效果。
孵化初期，胚胎物质代谢处于初级阶段，缺乏调节能力，故需较高的温度。 孵化中期，胚胎物质代谢逐渐加强，体温调节能力也逐渐加强，此时温度要保持平稳。孵化后期至出壳前，胚胎已具有调节体温的能力，加上本身新陈代谢旺盛，产生大量的体热，此时孵化温度还应稍低，以利于散热。因此，孵化期应遵循前高、中平、后低的原则。孵化温度偏高则胚胎发育快，雏鸡提前出壳；温度偏低则胚胎生长发育迟缓，出壳时间晚而拖延。
据试验，37.8℃ 孵化21天出雏，孵化率最高； 38.5℃仅20天就出雏； 39.5℃只需19天，且雏鸡体重轻，孵化率低；35.5℃ 要延迟到24天出壳，且大多数胚胎死于壳内孵化过程中。
温度过高、过低或时高时低都会使弱雏增多，合格种雏减少。如孵化温度高会造成死胚率升高、雏鸡个体细小、绒毛短或成小卷团，眼、喙异常，卵黄囊和肠留在腹腔外不能及时进入体内等。孵化温度过低雏鸡不活泼，绒毛粗糙干燥，腹部肿大柔软，脐环闭合不良，跗关节红肿，站立不稳等；温度时高时低也常会出现脐环闭合不良，眼睛闭合，眼部绒毛粘连，脱水，弯趾或“八”字脚。
应根据胚胎的需温特点，入孵方式和孵化方法进行正确施温。例如巷道式孵化器的分批入孵，采用恒温孵化法，孵化器的温度控制在37.8℃（100.04℉ ），出雏器的温度为 37.0~37.5℃。箱体式孵化器的整批入孵，采用变温孵化法，1~3天孵化温度38.0℃，4~12天为37.8℃，13~18天为37.6℃，19~21天为37.0℃ ，孵化室室温控制在22~26℃。这里均说的是空气温度，由于本厂的孵化器具有蛋壳测温仪，因此是将胚胎温度设定在100℉ ，通过监控蛋壳温度来设定孵化器内部环境的空气温度，从而保障胚胎发育有良好的温度环境。
2.2湿度控制
湿度具有导热作用，在孵化初期可使胚胎受热均匀，孵化后期有利于胚胎生理热的散发，适宜的湿度还有利于雏鸡出壳时，在足够湿度和空气中二氧化碳的作用下，使蛋壳成分中的碳酸钙变为碳酸氢钙，便于雏鸡出壳。孵化室和出雏室的相对湿度应保持在 50%~65%，孵化器内保持50%~60%，出雏器内保持65%~75%，胚胎对湿度的适应范围较广，不如温度敏感，一般不会造成孵化率大幅下降，但湿度过高，会延长出壳时间，雏鸡体软腹大，绒毛粘连蛋黄液；湿度过低，提前出壳，雏鸡干瘪、瘦小，绒毛干燥、发焦，有时粘壳。湿度过高的控制措施是降低环控湿度设定值，加强通风；湿度低，则需要提高环控湿度设定值，但是不管加湿还是除湿都不能对环境温度产生过大影响。
2.3 通风控制
通风可以供给胚胎生长发育所需的氧气，排出二氧化碳，使孵化器内温度均匀，促进胚胎散热通风的要求是保持新鲜的空气，氧气含量不低于 20%，二氧化碳浓度不超过0.5%，但不能因通风而影响温度和湿度。孵化器内二氧化碳浓度达1%时，胚胎发育迟缓，死亡率增加，出现胎位不正和畸形等现象。孵化器内二氧化碳含量超过1%，每增加1%，孵化率下降 15%。当二氧化碳浓度达到10%，胚胎将全部死亡。通风过度则会影响温度和湿度，出现雏鸡眼睛闭合，眼部绒毛粘连，脱水，粪便呈绿色等，一般在孵化初期通风量可以小些，孵化中后期，随着胚胎日龄的增大，代谢加强，通风量应逐渐增强。尤其在即将破壳出雏的情况下，更应注意通风，避免孵化后期胚胎闷死在壳内。
本厂采用的是co2传感器来控制孵化器和出雏器的通风，在孵化器的孵化前1-9天聚集co2含量，标准程序中最高设定是0.85%，从而促进胚胎发育过程中的血管的发育，之后将co2的浓度逐步拉至安全值0.3%以下，通风的控制完全是根据发育过程中co2的要求，而不是用来主要进行温度控制，因此减少了通风对温度和湿度的影响。
2.4 翻蛋
翻蛋可以避免胚胎与壳膜粘连，使胚胎各部位受热均匀，供应新鲜空气，有助于胚胎运动，保持胎位正常。翻蛋的要求是每隔 1~2 小时翻蛋 1 次，孵化 14-18 天可以停止翻蛋。长期不翻蛋或翻蛋不正常，会降低孵化率、胚胎粘在壳膜上，粘着部分出现畸形。翻蛋以水平位左右各45度为宜，并要防止翻蛋过程中的剧烈震动。
由于现在孵化技术的提高，各个孵化器设计厂家推出自己的新型孵化器。除了包括传统的温度探头，湿度探头外，增加了二氧化碳探头、蛋壳测温探头、称重系统。这样能够更好的模拟生物学上老母鸡孵化小鸡的原理。应用二氧化碳探头检测孵化器内部的二氧化碳浓度使得孵化前期达到一定的二氧化碳浓度，从而促进胚胎的血管发育，这样变摈弃了传统意义上面需要通过通风来达到降温的效果。通过蛋壳测温仪来检测胚胎发育过程中的胚胎温度，用空气温度上下限来使得胚胎具有良好的温度条件，让胚胎说话，从而使胚胎达到最好的发育温度。通过称重系统来检测孵化器中种蛋的失水率，从而时时检测种蛋的失重情况，满足最佳的孵化条件。这些新的技术和监控探头安装有助于更加精细孵化条件控制。
3. 种蛋转盘
在18/19天，种蛋就会从孵化器被转移到出雏器。此做法有两个目的，种蛋被侧放于出雏器中，令从蛋壳中出来的雏鸡可以自由活动；同时，转盘有卫生方面的意义，在雏鸡出壳的过程中会产生大量的绒毛，这些绒毛可能会对整个孵化厂造成污染。过早或过晚转盘都会因为胚胎不是在最理想的状态下转移而导致孵化率的下降，这一点在改变转盘的时候都应该被考虑到。转盘的时间因应不同类型的孵化器而有所差别（通常在18-19天）。
3.1 在进行转盘操作时应该迅速平稳地进行，避免种蛋冷却而导致孵化延迟。
3.2. 转盘时照蛋，挑出无精蛋、早期胚胎死亡、中期死亡和污染蛋-并计算记录。
如果在照蛋过程中发现污染蛋，要将污染蛋拣出。盛放污染蛋的桶内要有足够的消毒药，并盖好桶盖。落盘人员接触污染蛋或擦拭破损蛋后，需立即用酒精消毒双手。每车种蛋落盘前，落盘人员需用酒精消毒双手一次。如果有污染蛋或其它种蛋破裂于地的，要立即用包装纸擦拭，然后消毒。整理白蛋时，若有两个以上半盘的白蛋，必须并盘。对打蛋分析的白蛋和其它类型蛋，注明系别、批次、台次、数量后放到指定位置。当一个出雏盘中无精蛋数量约超过25%时要并盘。
3.3 因为胚胎在转盘前已经吸收了蛋壳内的钙来帮助骨骼的发展，所以此时的蛋壳会变得更加易碎。因此，转盘时应该更加小心，以避免蛋壳的破损。自动的转盘设备会比人工操作更加安全、高效。
3.4 在转盘前，出孵器的出雏盘应该正确清洗和烘干。将种蛋放置于湿润的托盘中会因为水气的蒸发而造成种蛋的冷却。
3.5 腐败和爆炸的种蛋应该被丢弃。
3.6 现在很多孵化厂利用机器进行马立克或其它疫苗的蛋内免疫注射，在进行此类操作时应该按照机器制造商的操作规范进行操作。
4.出雏现场的控制
4.1首先是雏鸡从出雏器里面拉出来后的工艺操作环境温湿度通风的控制。所有的操作应该在温控环境下进行，避免过热或过冷。雏鸡在盒子或其它运送装置中不能太拥挤。为了避免雏鸡体重降低，雏鸡停留的地方要保持合适的相对湿度。建议温度为24℃，相对湿度65-70%，实际过程中要以雏鸡的状态为依据。
4.2各项工艺的标准化规程制定。笔者主要在父母代肉种鸡孵化厂工作多年，父母代肉种鸡的雏鸡工艺处理是行业内比较全面的。流程主要包括捡鸡，混雏质检，公母鉴别，马立克免疫（公鸡的剪冠断趾工艺），数种鸡，IB免疫，打包，雏鸡发运。每个工艺环节均为一个控制点，做好每一个环节的工作，减少各个环节的产生淘汰和提高雏鸡质量，从而保障良好的利用率和雏鸡质量。
4.3出雏结束后环境、出雏筐及各种免疫设备的卫生消毒工作。需要合理安排打扫卫生的流程，避免由于流程安排不合理而导致的二次污染。
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